דע, כי מלבד עולמות הקדושה, ישנם עולמות של טומאה הנקראים "קליפות" או "סטרא אחרא" — הצד האחר. ואמר מורי האר״י ז״ל, כי הקליפות נוצרו בעת שבירת הכלים, כאשר שברי הכלים נפלו ונעשו מושב לכוחות הטומאה.
וביאר מורי ז״ל, כי ישנן ארבע קליפות, כמו שנרמז בחזון יחזקאל "ואראה והנה רוח סערה באה מן הצפון, ענן גדול ואש מתלקחת ונוגה לו סביב". הרוח הסערה, הענן הגדול, והאש המתלקחת — שלוש קליפות טמאות לגמרי. והנוגה — קליפת נוגה — שהיא מעורבת טוב ורע.
ודע, כי קליפת נוגה היא הקליפה המעניינת ביותר לעניין הגלגול, כי היא מעורבת טוב ורע, ורוב הניצוצות הקדושים כלואים בה. וכאשר אדם עושה מצווה בדבר גשמי — כגון אכילה בקדושה — הוא מברר את הטוב שבקליפת נוגה ומעלה אותו לקדושה, ואת הרע הוא מפיל.
ואמר מורי ז״ל, כי שלוש הקליפות הטמאות לגמרי הן כנגד שלוש עבירות חמורות: עבודה זרה, גילוי עריות ושפיכות דמים. ואין להם תיקון על ידי בירור רגיל, אלא רק על ידי ביטול מוחלט — "סור מרע" — שהאדם נמנע לחלוטין מן הרע.
וצריך להבין, כי הקליפות ניזונות מן הקדושה, כטפילים שיונקים מן המארח. וכל חטא שאדם עושה, הוא נותן כוח לקליפות ומחזק אותן. ולהיפך, כל מצווה מחלישה את הקליפות ומבררת ניצוצות מתוכן.
ודע עוד, כי הקליפות הן המקור של יצר הרע באדם. אמר מורי ז״ל, כי היצר הרע הוא כוח הקליפה שמתלבש בגוף האדם ומסיתו לחטוא. ובגלגול, הנשמה נלחמת ביצר הרע — שהוא הקליפה — כדי להתגבר עליו ולברר את הניצוצות.
וביאר מורי ז״ל, כי כאשר נשמה חוטאת, היא נופלת לידי הקליפות, והקליפות שולטות עליה ואינן מניחות לה להתעלות. וזהו עומק ייסורי הגלגול — שהנשמה כלואה בקליפות ומנסה להשתחרר מהן.
והנה אמר מורי ז״ל, כי בסוף הימים, כשיושלם בירור כל הניצוצות, לא יישאר כוח בקליפות והן תתבטלנה. ו"את רוח הטומאה אעביר מן הארץ" ו"בלע המוות לנצח ומחה ה׳ אלהים דמעה מעל כל פנים".
וזהו סוד המלחמה הנצחית בין אור לחושך, בין קדושה לטומאה — שהגלגול הוא שדה הקרב שבו הנשמה נלחמת בקליפות. ובכל ניצוץ שמתברר, מתקרבת הנצחון הסופי של הקדושה על הטומאה.