בשער זה נבאר את סוד הקליפות, שהן כוחות הרע והטומאה שנבראו בעולם כדי לאפשר את הבחירה החופשית ולנסות את האדם. ושם "קליפות" הוא מלשון קליפה — כמו קליפת הפרי שמכסה את הפרי ומסתירה אותו — כך הקליפות מכסות ומסתירות את הקדושה ומונעות את גילויה.
והנה שורש הקליפות הוא בדינים קשים שיצאו מספירת הגבורה ולא נמתקו כראוי. כשמידת הדין מתגברת יותר מדי ויוצאת מן האיזון, היא מתפשטת ויוצרת מערכת של כוחות שכנגד הקדושה. ואין הקליפות יש מן האין אלא הן נוצרות מן הקדושה עצמה כשהיא מתעוותת, כשם שהצל נוצר מן האור.
ודע כי ארבע קליפות יש, כנגד ארבע מראות שראה הנביא יחזקאל: "רוח סערה", "ענן גדול", "אש מתלקחת", ו"נוגה". שלוש הראשונות הן קליפות טמאות לגמרי, והרביעית — "קליפת נוגה" — היא קליפה מעורבת טוב ורע, ובה מתנהלת עיקר מלחמת האדם.
וקליפת נוגה היא זו שמכסה את כל דברי הרשות — המאכלות, המשאות ומתנות, המשא ומתן, ושאר עסקי העולם. כשאדם משתמש בדברי הרשות לצורך מצוה ועבודת ה' — הוא מברר את הניצוצות שבקליפת נוגה ומעלה אותם לקדושה. וכשמשתמש בהם לצורך תאוה ויצר הרע — הוא מפיל את הניצוצות לשלוש הקליפות הטמאות.
ודע כי הקליפות מסודרות כנגד הספירות — "זה לעומת זה עשה האלוקים" — ולכל ספירה דקדושה יש קליפה שכנגדה. כנגד החסד — אהבה רעה ותאוה; כנגד הגבורה — כעס ואכזריות; כנגד התפארת — גאוה והתנשאות; וכן הלאה. וכל מידה רעה שבאדם שורשה בקליפה שכנגד הספירה המתאימה.
ויש תפקיד לקליפות בסדר הבריאה: הן מנסות את האדם ומאפשרות לו את הבחירה החופשית. בלא קליפות לא הייתה בחירה, ובלא בחירה לא היה שכר ועונש. ועל כן הקליפות הן חלק מן התוכנית האלוקית, ואף שהן רע, יש בהן תכלית טובה — לזכך את האדם ולהביאו לשלמות.
ודע כי בסוף הימים יתבטלו הקליפות ולא יהיה עוד רע בעולם, כנאמר "ואת רוח הטומאה אעביר מן הארץ" ו"בלע המוות לנצח". ותכלית כל עבודת האדם בעולם הזה היא להחליש את הקליפות ולברר מהן את ניצוצות הקדושה, עד שלא יישאר בהן שום כוח ויתבטלו מאליהן.
ונמצא שסוד הקליפות הוא סוד הרע בעולם ותכליתו, ועל ידי הבנתו ידע האדם שהרע אינו מקרי ואינו עצמאי אלא הוא חלק מסדר אלוקי שתכליתו טוב, וישתמש בידיעה זו לחזק את עצמו במלחמת היצר ולגבור על כל קושי ונסיון.