אחר שביארנו יסוד הספירות העשר, ראוי לבאר את הקשר שבין הספירות למצוות התורה, כי המצוות אינן גזירות סתמיות חלילה, אלא כל מצוה ומצוה שורשה באחת הספירות העליונות, ועל ידי קיום המצוה מתקן האדם את הספירה ההיא ומחבר אותה עם שאר הספירות בחיבור נכון. וזהו סוד הכוונה שבמצוות — שידע האדם מה הוא מתקן ובאיזה עולם הוא פועל כשמקיים כל מצוה.
והנה ידוע כי תרי"ג מצוות נתנו לישראל — רמ"ח מצוות עשה ושס"ה מצוות לא תעשה. רמ"ח מצוות עשה כנגד רמ"ח אברים שבאדם, ושס"ה מצוות לא תעשה כנגד שס"ה גידים. ויש בזה רמז עמוק, כי כשם שהאדם בנוי מאברים וגידים המרכיבים את גופו, כך מערכת הספירות בנויה מבחינות שונות המרכיבות את הפרצוף העליון, וכל מצוה מתקנת בחינה מסוימת בספירות.
ונבאר בפרטות: מצוות שעניינן חסד ואהבה — כגון גמילות חסדים, הכנסת אורחים, ביקור חולים — שורשן בספירת החסד, ועל ידי קיומן מעורר האדם את מידת החסד למעלה ומושך שפע של חסד ורחמים לעולם. ומצוות שעניינן דין ויראה — כגון דיני ממונות, ענישת העוברים, הרחקה מן העבירה — שורשן בספירת הגבורה, ועל ידיהן מתקן האדם את מידת הדין ומכווין אותה לפעול בצורה נכונה ומאוזנת.
ומצוות התורה והתפילה שורשן בספירות העליונות — התורה בחכמה ובבינה, והתפילה בתפארת ובמלכות. ומצוות הצדקה שורשה ביסוד, כי הצדקה היא השפעה מן העליון לתחתון כדרך שהיסוד משפיע למלכות. ומצוות המלכות וכבוד המלך שורשן בספירת המלכות, ומצוות שבת שורשה בבינה שנקראת "שבת עילאה", ומצוות יום טוב בספירות שונות כפי עניין כל חג.
ויש להבין כי אין הדבר פשוט כל כך שכל מצוה שורשה בספירה אחת בלבד, אלא כל מצוה כוללת בתוכה בחינות מכל הספירות, אלא ששורשה העיקרי הוא בספירה אחת. וכמו שביארנו שכל ספירה כוללת עשר, כך כל מצוה כוללת בחינות מכל הספירות, והשורש העיקרי הוא כפי עניין המצוה.
ודע כי המקובלים הראשונים נחלקו בטעמי המצוות: יש מהם שהלכו בדרך הרמב"ן ז"ל ופירשו את המצוות על פי סוד הספירות, ויש מהם שהלכו בדרך אחרת ופירשו על פי סוד העולמות. ואנחנו בספר הזה קיבצנו את כל הדעות ויישבנו אותן זו עם זו, כי באמת אין ביניהן סתירה אלא כל אחד מדבר מבחינה אחרת.
ונמצא שהמצוות הן הכלים שבידי האדם לתקן את העולמות העליונים ולהמשיך שפע ואור לתחתונים. ועל כן ציוונו חכמינו ז"ל לקיים מצוות בכוונה, כי בלא כוונה המצוה פועלת בגוף הספירה אך לא בנשמתה, וכשמכוון כראוי פועל גם בגוף וגם בנשמה, ומעלה את ניצוצות הקדושה למקומן.
ועל כן ראוי לכל מקיים מצוה שיכוון לבו לשם שמים ויחשוב בדעתו שעל ידי מצוה זו הוא מתקן עולמות עליונים ומחבר את הקדוש ברוך הוא עם שכינתו, ובזה יהיה שלם במעשיו ותעלה מצוותו לרצון לפני אדון הכל ברוך הוא.