אחרי שביארנו את סוד האותיות, נבאר עתה את סוד הנקודות, כי הנקודות הן נשמת האותיות, וכשם שהגוף בלא נשמה אינו חי ואינו פועל, כך האות בלא נקודה אינה נקראת ואינה מגלה את כוחה. והנקודות הן המבטאות את האות ונותנות לה חיות וקול, ועל כן חשיבותן גדולה מאוד בחכמת הקבלה.
והנה עשר נקודות ידועות בלשון הקודש: קמץ, פתח, צירי, סגול, שבא, חולם, שורוק, חיריק, קובוץ, וניקוד השווא הנח. ועשר נקודות אלו מכוונות כנגד עשר ספירות, כי כל נקודה מגלה את אור הספירה שכנגדה. הקמץ — שהוא הניקוד הרחב והכולל — כנגד הכתר, שהוא הספירה הכוללת את הכל. הפתח כנגד החכמה, שבה נפתח השער הראשון של ההבנה.
וצירי כנגד הבינה, שהיא שתי נקודות זו על גב זו, רומזת לשני לוחות הברית ולדרך ההבנה שיש בה ימין ושמאל. סגול כנגד החסד והגבורה והתפארת, שהן שלוש נקודות המסודרות כמשולש, רומזות לשלוש ספירות אלו המהוות את לב ההנהגה האלוקית.
חולם כנגד הנצח, שהוא נקודה עליונה מעל האות, רומזת לנצחיות ולהתעלות. חיריק כנגד ההוד, שהוא נקודה תחתונה מתחת לאות, רומזת לענוה ולהכנעה. שורוק כנגד היסוד, שהוא נקודה בתוך האות, רומזת לנקודת הפנימיות והסוד. וקובוץ כנגד המלכות, שהוא שלוש נקודות תחתונות המקבלות מכל מה שלמעלה.
ויש בנקודות סוד נוסף, והוא שהנקודה היא בחינת נקודה, והאות היא בחינת כלי. הנקודה היא האור המתלבש בתוך הכלי, והכלי הוא האות המקבלת את האור. ומכאן שהנקודות הן בסוד האורות, והאותיות הן בסוד הכלים, ויחד הם יוצרים את השלמות של הדיבור האלוקי.
ודע כי סדר הנקודות מלמעלה למטה מכוון כנגד סדר ירידת השפע מן האין סוף ברוך הוא אל העולמות התחתונים. הקמץ שהוא למעלה מכל — כנגד הרצון העליון. ומשם יורד ומתצמצם השפע עד שמגיע לקובוץ שהוא למטה מכל — כנגד המלכות המקבלת מכולם ומשפיעה לעולמות שתחתיה.
ויש להבין כי הנקודות קשורות גם לתנועות הנפש האנושית, כי כשם שהנקודות נותנות חיות לאותיות, כך תנועות הנפש נותנות חיות למעשי האדם. מי שעושה מצוה בלא כוונת הלב — הרי הוא כאות בלא נקודה, שקוראים אותה אך אין בה חיות. ומי שמכוון לבו ומעורר את נפשו — הרי הוא כאות עם נקודה, שיש בה חיים ותנועה.
ונמצא שסוד הנקודות הוא סוד ההחייאה וההארה, ועל ידי הבנתו יזכה המעיין להבין כיצד האור האלוקי מחיה את כל הנבראים, וכיצד כל דבר בעולם מקבל את חיותו מנקודה פנימית של אור אלוקי המלובש בתוכו.