אמר רבי נחוניא בן הקנה: מהו עץ החיים? משל למלך שנטע עץ בגנו. העץ הזה שורשיו למעלה וענפיו למטה — שורשיו בשמים וענפיו משתרעים על כל הארץ. השקהו ממעיין עליון, והעץ גדל ופרח ועשה שנים עשר ענפים. כל ענף מלא פירות, וכל פרי מלא זרעים, וכל זרע מוליד עצים חדשים. והמלך שמר על העץ ומילא את תעלותיו מים חיים.
שאלו: מהם שנים עשר הענפים? אמר להם: כנגד שנים עשר שבטי ישראל, וכנגד שנים עשר חודשי השנה, וכנגד שנים עשר מזלות ברקיע. הכל קשור בעץ אחד ומושרש בשורש אחד. וכשם שאם תכרות ענף אחד — כל העץ מרגיש, כך כל ישראל ערבים זה בזה, וכל חלקי הבריאה קשורים זה בזה.
אמר רבי ברכיה: ולמה נקרא "עץ החיים"? מפני שממנו יוצאים חיים לכל העולמות. כשם שהעץ שואב מים מן הארץ ומעלה אותם דרך הגזע עד הענפים — כך עץ החיים שואב אור מן המקור העליון ומוריד אותו דרך המדרגות עד העולם הזה. ומי שאוכל מפריו — חי לעולם, שנאמר "עץ חיים היא למחזיקים בה".
ומהו גזע העץ? הוא ספירת התפארת, שהיא עמוד האמצע המחבר בין ימין לשמאל, בין חסד לגבורה. וזהו "עץ" — שהמילה "עץ" בגימטריא מאה וששים, כנגד מאה וששים מעלות ומדרגות שבגזע. משני צדי הגזע יוצאים ענפים — ימין ושמאל, חסד וגבורה, מים ואש. והגזע עצמו הוא הרחמים הממזגים את הכל.
שאלו: ומה הם הפירות? אמר להם: הפירות הם הנשמות. כל נשמה היא פרי מעץ החיים — ולפיכך כל נשמה יש בה מכל הספירות, כפרי שיש בו מטעם כל העץ. ולפיכך נאמר על האדם "בצלם אלהים ברא אותו" — שהאדם הוא בבואה של עץ החיים, ובגופו משתקפים כל הספירות.
אמר רבי אמורא: עץ החיים עומד באמצע הגן — ומהו הגן? הוא גן עדן, שהוא עולם הנשמות. ומה הוא "באמצע"? שהוא מחבר בין כל הקצוות — בין מעלה ומטה, בין ימין ושמאל, בין פנים ואחור. והאדם הראשון היה יכול לאכול מעץ החיים ולא אכל, אלא הלך ואכל מעץ הדעת. ומהו עץ הדעת? הוא ההפרדה — דעת טוב ורע, חילוק והבדלה. ואילו עץ החיים הוא האחדות — שבו הכל אחד ואין הפרדה.
אמר רבי רחומאי: בוא וראה — עץ החיים עומד למעלה מעץ הדעת. מי שעולה מעץ הדעת לעץ החיים, עובר מעולם ההפרדה לעולם האחדות. וזוהי עבודת האדם בעולם הזה — לתקן את חטא אדם הראשון ולחזור מעץ הדעת אל עץ החיים. כל תורה ומצוות שאדם עושה, הן מדרגות בסולם שעולה מעץ הדעת אל עץ החיים.
דבר אחר: עץ החיים רמוז בגוף האדם. ראשו — כתר, מוחו — חכמה ובינה, זרועו הימנית — חסד, זרועו השמאלית — גבורה, גופו — תפארת, רגלו הימנית — נצח, רגלו השמאלית — הוד, ברית — יסוד, ופיו — מלכות. ולפיכך נאמר שהאדם הוא עולם קטן, שכל מבנה העולמות העליונים רמוז בגופו.
אמר רבי נחוניא: ומי שמבין סוד עץ החיים, מבין את כל התורה. כי כל התורה אינה אלא תיאור של עץ החיים מזוויות שונות — ההלכות הן הענפים, האגדות הן העלים, הסודות הן הפירות, והשורש הוא סתרי תורה שאין רשות לגלותם.
כלל הדברים: עץ החיים הוא המבנה הפנימי של כל המציאות — שורשו באין סוף וענפיו בעולם הזה. מי שרואה רק את הענפים חושב שהעולם מפוצל ומפורד, אבל מי שעולה מן הענפים אל הגזע ומן הגזע אל השורש — רואה שהכל אחד, והכל חיים מחיים אחד, ואין דבר נפרד מן השורש.